Seit dem 1. Jänner 2014 ist es möglich, Bescheide des Fonds im Rahmen eines Beschwerdeverfahrens vom Bundesverwaltungsgericht nochmals überprüfen zu lassen (vgl. hierzu BGBl. I Nr. 92/2013). Vor dieser Änderung konnte gegen Bescheide des Fonds Berufung bei der sachlich in Betracht kommenden Oberbehörde - dem Bundeskanzler - erhoben werden.